1、燃烧效率差： 卧式内燃燃气锅炉为微正压室燃，燃烧效率高，配用先进燃烧器，燃烧效率可达99.5%;而燃煤锅炉改燃气锅炉后只能是负压燃烧，燃烧效率在85%左右。

2、散热损失大： 燃煤锅炉设计热效率为78%，燃气锅炉设计热效率为90%，燃煤锅炉体积比卧式内燃燃气锅炉体积大得多，而且保温材料也差，外表温度高，散热损失大。燃煤锅炉改造后，实际热效率为70%，则运行成本比燃气锅炉高20%左右。

3、控制不方便 燃烧器都是用全自动燃烧器，但燃煤锅炉烟气阻力大，要加配到引风机才能正常运行，控制不方便。

4、分汽慢： 燃煤锅炉水容量大，分汽相对较慢，压力上升速度也慢。